Il più grande esperimento di supercalcolo per identificare terapie contro SARS-CoV-2
Nelle scorse settimane il consorzio del progetto H2020 EXSCALATE4CoV ha eseguito l’esperimento di supercalcolo più complesso mai realizzato al mondo per identificare nuove terapie contro il virus Sars-Cov-2. Il gruppo di ricerca del Prof. Gianluca Palermo e della Prof.ssa Cristina Silvano (Dipartimento di Elettronica, Informazione e Bioingegneria del Politecnico di Milano) ha avuto un ruolo centrale nella sua esecuzione.
Sono stati testati 71.6 miliardi di molecole su 15 “siti attivi” del virus attraverso l’elaborazione di oltre mille miliardi di interazioni. La simulazione è durata 60 ore e ha generato 65 TeraByte di risultati che rappresentano la conoscenza più approfondita dell’interazione del virus con possibili farmaci.
L’esperimento è stato possibile grazie alla disponibilità in simultanea della potenza di calcolo di HPC5 di Eni, il supercomputer industriale più potente al mondo, di Marconi100 di CINECA, al software di screening virtuale accelerato dal Politecnico di Milano e CINECA e alla biblioteca molecolare Exscalate di Dompé.
I risultati, ancora in fase di rielaborazione, saranno accessibili dalla comunità scientifica tramite il portale “open science” di EXSCALATE4CoV MEDIATE.
Un esperimento simile, ma in scala estremamente ridotta, ha già visto il consorzio pre-selezionare 7.000 molecole ulteriormente testate “in vitro”. Tra queste molecole c’era il Raloxifene, primo composto identificato dal consorzio Exscalate4CoV, che ha già ottenuto l’autorizzazione da parte dell’AIFA per lo studio clinico presso IRCSS Lazzaro Spallanzani di Roma e IRCSS Humanitas di Milano per potenziale trattamento per pazienti COVID debolmente sintomatici ospedalizzati o a domicilio.
