Arima Genomics lancia la piattaforma Arima-HiC

Arima Genomics, Inc., un’impresa biotecnologica che permette ai ricercatori di applicare le informazioni sulla strutturazione e sul sequenziamento genico a lungo raggio ai fini dell’approfondimento della comprensione in materia di salute, malattie e evoluzione della specie, ha annunciato il lancio commerciale della sua tecnologia Arima-HiC. Il kit per la preparazione dei campioni Arima-HiC è un protocollo semplice e rapido della durata di 6 ore che permette di rilevare le interazioni cromatiniche a lungo raggio che possono trovare impiego in applicazioni multiple.
Il lancio pubblico conclude un Programma di accesso anticipato coronato da successo che ha generato ulteriori prove delle prestazioni del prodotto e un prezioso feedback fornito dai clienti che vi hanno partecipato.
La portata limitata del programma Early Access ha permesso all’azienda di lavorare a stretto contatto con i clienti, portando a un’offerta Arima-HiC migliorata. “Siamo stati molto contenti del kit Arima-HiC”, ha affermato Eileen Furlong PhD, responsabile dell’unità Genoma Biology presso EMBL. “Il protocollo Arima-HiC è più veloce di un giorno rispetto al protocollo del nostro laboratorio precedente. Tutti insieme, dati di qualità migliore per uno sforzo minore. “In risposta alle esigenze dei clienti per studi di input di campioni bassi, il kit Arima-HiC ora consente ai ricercatori di generare librerie Hi-C di alta qualità da meno di 100K di celle, a seconda dell’applicazione. “Siamo soddisfatti della facilità del flusso di lavoro Arima-HiC e della migliore qualità dei dati per l’analisi del dominio topologico e della cromatina”, ha dichiarato Hiruy Meharena PhD, Postdoctoral Fellow al Massachusetts Institute of Technology. “Il supporto esteso per input bassi è una caratteristica significativa in quanto consente ai ricercatori di eseguire l’Hi-C su campioni preziosi come popolazioni di cellule rare o campioni clinici precedentemente preclusi dall’analisi Hi-C”.
Per facilitare l’analisi dei dati, la società ha collaborato con partner accademici per ottimizzare gli strumenti open source consolidati, inclusi HiCUP e SALSA per i dati Arima-HiC. Questi strumenti sfruttano aspetti unici dei dati Arima-HiC, come una maggiore uniformità di copertura e un più alto rapporto segnale-rumore a lungo raggio, per una migliore conformazione della cromatina e l’analisi dell’assemblaggio del genoma. Tale impegno con la comunità open source continuerà ad essere un obiettivo chiave per l’azienda come parte dei suoi sforzi continui per ottimizzare e accelerare il flusso di lavoro da campione a risultato. La società sta inoltre continuando a collaborare con i principali collaboratori accademici su approcci Hi-C mirati, nonché a sviluppare flussi di lavoro per nuove applicazioni genomiche con il partner industriale Agilent Technologies.
Anche i feedback e i dati generati dai clienti con accesso anticipato hanno svolto un ruolo importante nel convalidare ulteriormente la tecnologia Arima-HiC. Recentemente, è stato rilasciato il primo set di dati della Fase I del Vertebrate Genome Project che sfruttava la tecnologia Arima-HiC. “Arima Genomics è un partner tecnologico integrale del consorzio G10K e fase I del progetto VGP,” Gene Myers PhD, membro del Consiglio G10K e direttore presso l’Istituto Max-Planck di biologia cellulare molecolare e genetica, Dresda. “Arima è stato selezionato per la Fase Mi sono basato sulla qualità dei dati, dimostrata dalla loro capacità di generare dati riproducibili e di alta qualità nonostante la variabilità della qualità e della quantità dei campioni di input.Le interazioni genomiche a lungo raggio dai dati Arima-HiC sono una componente essenziale della nostra attuale strategia per la generazione di gruppi di riferimento cromosomici. ”
Oltre agli assemblaggi genomici di alta qualità, altri laboratori hanno dimostrato la capacità di rilevare circuiti cromatinici e domini topologicamente associati con elevata sicurezza a profondità di sequenziamento significativamente ridotta rispetto ad altri metodi. “La capacità dei kit Arima-HiC di fornire una visione più ampia con meno costi di sequenziamento sarà fondamentale per consentire a più ricercatori di sfruttare la tecnologia Hi-C per comprendere la regolazione genica all’interno del contesto tridimensionale del genoma”, ha detto Changhoon Kim PhD, Chief Technology Officer presso Macrogen, Inc.
Come parte della transizione della società dalla fase di accesso iniziale, ha ridotto le sue operazioni per rendere la tecnologia Arima-HiC facilmente accessibile ai ricercatori. Oltre ad ampliare il proprio team di vendita, ha semplificato il proprio processo order-to-ship e migliorato il servizio clienti e l’esperienza di supporto. “Il lancio commerciale del kit Arima-HiC segna una pietra miliare significativa nella missione dell’azienda di accelerare la comprensione della sequenza e della struttura del genoma”, ha affermato Siddarth Selvaraj, fondatore e CEO di Arima Genomics. “Il nostro obiettivo in questa fase successiva è di consentire ai ricercatori di ottenere maggiori informazioni dal genoma rendendo la tecnologia Hi-C accessibile, economica e facile da usare il più possibile.”