Il Prof. Davide Sassera, del Dipartimento di Biologia e Biotecnologie dell’Università di Pavia, grazie a una collaborazione con ricercatori della Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo, dell’Università di Oslo e del Wellcome Sanger Institute ha sviluppato una nuova tecnica genomica che permette di tracciare contemporaneamente la diffusione di più superbatteri negli ospedali e può potenzialmente migliorare la sorveglianza e la gestione delle infezioni ospedaliere.
Lo studio di tipo proof-of-concept è incentrato su un approccio di deep sequencing in grado di caratterizzare contemporaneamente tutti i batteri nosocomiali più diffusi. Il nuovo metodo è più completo, più veloce e meno laborioso rispetto alle pratiche attualmente in uso, che richiedono la messa in coltura e il sequenziamento separato di ciascun patogeno.
Nello studio, pubblicato su «The Lancet Microbe», è stata caratterizzata la popolazione batterica in diverse unità di terapia intensiva e altri reparti ospedalieri durante la prima ondata della pandemia di COVID-19 nel 2020. I ricercatori hanno identificato le specie batteriche presenti nei pazienti, inclusi patogeni noti per la resistenza agli antibiotici. A conclusione del lavoro, gli autori propongono che la loro tecnica possa essere integrata in futuro con i sistemi di sorveglianza ospedaliera esistenti, con lo scopo di identificare, tracciare e controllare la diffusione di più batteri resistenti ai trattamenti antimicrobici, che costituiscono un problema sempre più diffuso negli ambienti clinici.
Nello studio è stato effettuato un campionamento da 256 pazienti ricoverati presso la Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo. Sono stati raccolti materiali da diversi distretti corporei: intestino, vie aeree superiori e polmoni.
L’analisi di 2.418 campioni di DNA ha identificato 52 specie batteriche, di cui il 66% comprendeva diversi ceppi delle sette infezioni batteriche ospedaliere più comuni. Lo studio ha rilevato come i pazienti in terapia intensiva fossero costantemente colonizzati da batteri in grado di causare malattie gravi e, nel 40% dei casi, i batteri erano portatori di fattori di resistenza agli antimicrobici. I ricercatori hanno mappato con successo la diffusione dei batteri ospedalieri su un periodo di cinque settimane, prevedendo quali batteri fossero più probabilmente causa di infezioni acquisite in ospedale.
