Come funzionano le proteine del coronavirus? A questa domanda, cruciale per poter strutturare efficaci terapie di contrasto, anche l’Università di Parma sta provando a dare una risposta con la partecipazione a Folding@home, progetto di calcolo attualmente focalizzato proprio sullo studio dei meccanismi del COVID-19.
L’Ateneo dispone di un Supercomputer per il calcolo ad alte prestazioni a supporto della ricerca scientifica, gestito dalla U.O. Erogazione Servizi dei Sistemi Informativi. Da diversi giorni, 5 nodi del cluster HPC, per un totale di circa 300 core e 9 GPU, stanno contribuendo al progetto, incentrato sulle proteine.
I virus hanno proteine che usano per sopprimere il nostro sistema immunitario e riprodursi. Il modo di ripiegarsi delle proteine può essere simulato al calcolatore, ma la simulazione richiede un tempo di calcolo enorme: è per questo che il progetto Folding@home utilizza la potenza di calcolo inutilizzata di migliaia di PC di proprietà di volontari, che hanno deciso di installare e di eseguire un apposito software sul proprio computer.
Il progetto Folding@home, nato negli Stati Uniti, è costituito da un gruppo di laboratori di ricerca sparsi nel mondo che, utilizzando una serie di software che vengono implementati ad hoc, studia la comprensione dei meccanismi biochimici attraverso i quali si sviluppano certe patologie. In questo momento particolare il focus è appunto sullo studio dei meccanismi del coronavirus.
Negli ultimi giorni le installazioni hanno superato quota 400.000, per una potenza di calcolo complessiva di circa 474 PetaFLOPs: decisamente superiore al più potente calcolatore al mondo, che arriva a 150 PetaFLOPs.
